Bahagian Penyelidikan merupakan salah satu bahagian di bawah Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan ( JAWI ). Pada tahun 1999 sehingga 2004, program penyelidikan hanya merupakan salah satu sub-unit yang diletakkan secara langsung di bawah bahagian Pelajaran. Bermula tahun 2005, program penyelidikan telah dipisahkan ( secara pentadbiran ) dari Bahagian Pelajaran. Susulan daripada itu, program dan aktivitinya telah mula dipertingkatkan disamping memperkenalkan beberapa program / aktiviti baru bersesuaian dengan fungsi yang ada. Pada 5 Disember 2007 secara rasminya Bahagian Penyelidikan mempunyai perjawatannya tersendiri berdasarkan Waran Perjawatan W.P. Bil. A 178 /2007 & Bil. A 207 / 2007. Bahagian Penyelidikan mempunyai seramai 17 orang yang terdiri daripada pegawai dan kakitangan yang diketuai oleh seorang Ketua Penolong Pengarah. Bahagian Penyelidikan bertanggungjawab untuk mengkaji dan menyelidik isu-isu semasa yang berkaitan dengan akidah dan syariah bagi mempertahankan kesucian Islam dan sekaligus menjaga imej masyarakat Islam di Wilayah Persekutuan. Bahagian Penyelidikan sebelum ini satu unit yang bergabung dalam Bahagian Pelajaran dan Penyelidikan, walaubagaimanapun selaras dengan pengembangan peranan dan fungsi bahagian ini maka ia telah dijadikan sebuah bahagian yang terdiri daripada 3 Cawangan utama iaitu: