Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan (JAWI) terdiri dari bahagian-bahagian yang beroperasi untuk memberikan perkhidmatan kepada orang awam. Di mana setiap bahagian mempunyai fungsi dan tugas yang tertentu mengikut bahagian masing-masing. 

Berikut adalah Bahagian-bahagian yang terdapat di JAWI:

• Bahagian Khidmat Pengurusan

• Bahagian Pengurusan Dakwah

• Bahagian Pengurusan Kariah

• Bahagian Pembangunan

• Bahagian Penguatkuasaan

• Bahagian Pendakwaan

• Bahagian Perkahwinan Dan Pembangunan Keluarga

• Bahagian Penyelidikan

• Bahagian Pelajaran

• Masjid Wilayah Persekutuan